建立起从旧石器时代一直到明清时期相对完整的历史文化序列，主持发掘项目先后7次入选“十大”， 2次入选“六大”。作为全国较早涉足水下考古领域的地方研究机构，在整体打捞、水下发掘保护、水下数字化科技考古等方面走在全国前列，先后发掘保护了“南海Ⅰ号”南宋沉船、“南澳Ⅰ号”明代沉船等。先后共建广东省科技考古基地、广东史前考古教学科研基地（云浮）、田野考古研究基地（和平）等一批科研基地。