上山遗址于2000年浙江省文物考古研究所进行浦阳江流域新石器时代遗址考古调查期间被发现。2001年、2004年至2006年进行了四期考古发掘，发掘面积2000平方米。遗址的新石器时代内涵分为下层、中层、上层三个阶段的堆积。上山遗址下层，文化内涵新颖独特，以大口盆、平底盘、双耳罐为典型代表的陶器群不同于长江下游地区以往发现的其他新石器时代遗址，代表了一种新发现的、更为原始的新石器时代文化类型。考古发掘从地层上证明了上山下层文化遗存早于跨湖桥文化遗存，因此其年代早于跨湖桥文化与河姆渡文化。上山遗址是中国长江下游及东南沿海地区迄今发现的年代最早的新石器时代遗址。2005年在嵊州小黄山遗址发现了相同类型的文化遗存，进一步证明上山下层文化类型不是孤立的。2006年，这种新发现的考古学文化被命名为“上山文化”。上山遗址出土的夹炭陶片的表面，发现了较多稻壳印痕，胎土中羼和大量稻壳、稻叶，遗址还出土了稻米遗存。这是长江下游地区迄今发现的最早的稻作遗存，为稻作农业起源研究提供了珍贵资料。上山文化遗址群是东亚地区人类走出山地洞穴、在河谷旷野实现农业定居并获得成功的最早实证，在钱塘江南域的广大区域，带来了东亚农业革命的崭新气象，是稻作农业起源及长江下游及东南沿海地区早期新石器时代文化探索的重大突破。

历年主要发掘单位：浙江省文物考古研究所、浦江县博物馆 历任发掘领队及主持发掘者、主要参与发掘人员：蒋乐平、郑建明、张农、李佑生、王书逊、张海真、芮顺淦、盛丹平、张智强、朱江平、张国萍